以下文章来源于爱吃洋芋的酸菜鱼，作者爱吃洋芋的酸菜鱼
在WB）实验中，细胞密度确实会影响蛋白表达水平的检测结果，主要原因包括以下几个方面：
01 细胞生长状态与代谢压力
接触抑制：当细胞密度过高时（如汇合度超过90%），某些细胞（尤其是原代细胞或贴壁细胞）会因接触抑制而减缓增殖，导致细胞周期相关蛋白（如Cyclin D1、p21）表达下调。
营养竞争：高密度下，培养基中的营养物质（如葡萄糖、氨基酸）和生长因子消耗更快，可能引发代谢压力（如mTOR信号通路抑制），从而改变代谢相关蛋白（如AMPK、HIF-1α）的表达。
缺氧：密集的细胞可能导致局部缺氧，激活缺氧诱导因子（HIFs）等应激通路，影响下游蛋白表达。
02 细胞凋亡与自噬
高细胞密度可能诱发凋亡（如caspase-3激活）或自噬（如LC3-II积累），导致凋亡相关蛋白或自噬标记蛋白的表达变化，干扰目标蛋白的检测。
03 信号通路调控
细胞密度可通过细胞间接触或分泌因子影响信号通路。例如：
Wnt/β-catenin通路：高密度时细胞间接触增加，可能抑制β-catenin的稳定性。
生长因子通路（如EGF/MAPK）：高密度下受体饱和度或旁分泌信号改变可能导致ERK磷酸化水平变化。
04 实验操作因素
裂解效率差异：高密度细胞的裂解可能不完全（尤其膜蛋白或核蛋白），导致提取蛋白浓度虚高或目标蛋白比例失真。
上样量偏差：若未标准化总蛋白量（如通过BCA定量），高密度样本可能因总蛋白过多导致条带过饱和或非特异性结合。
05 细胞周期不同步
细胞密度不同可能导致群体中细胞周期分布差异（如高密度时更多细胞处于G0/G1期），影响周期依赖性蛋白（如PCNA、Cyclin B1）的表达。
那我们该如何避免细胞密度的影响呢？
①控制汇合度：通常在70-80%汇合时收集细胞，避免过度生长。
②同步化处理：通过血清饥饿或药物处理使细胞周期同步。
③标准化蛋白上样：使用BCA/Bradford法定量总蛋白，确保每孔上样量一致。
④内参校正：选用合适的管家蛋白（如β-actin、GAPDH）作为内参，但需注意某些内参（如GAPDH）可能受代谢状态影响。
⑤验证实验条件：通过预实验确定最佳细胞密度和收获时间。