1. HE染色
材料：石蜡切片
染料：苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核糖体着紫蓝色；伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。
应用：一般的组织变化和组织产物都可以通过这一染色法显示出来，是形态学最常用的染色方法。
结果：细胞核被苏木精染成鲜明的蓝色，软骨基质、钙盐颗粒呈深蓝色，粘液呈灰蓝色。细胞浆被伊红染成深浅不同的粉红色至桃红色，胞浆内嗜酸性颗粒呈反光强的鲜红色。胶原纤维呈淡粉红色，弹力纤维呈亮粉红色，红血球呈橘红色，蛋白性液体呈粉红色。
2. 甲苯胺蓝染色
材料：石蜡切片，细胞爬片
染料：甲苯胺蓝，人工合成的碱性染料，组织细胞中酸性物质与其中阳离子相结合而被染色
应用：尖锐湿疣的初筛及肥大细胞的检测，细胞内酸性黏液多糖染色，神经细胞尼氏小体染色
结果：可染细胞核呈蓝色，肥大细胞胞质内肝素和组织胺等异色性物质可呈易染性紫红色，软骨、成骨细胞呈紫红色，酸性黏多糖呈红色，尼氏小体呈深蓝色。
3. 天狼星红苦味酸染色
材料：4%甲醛固定组织石蜡切片
染料：天狼星红-饱和苦味酸液
应用：利用胶原蛋白聚合及其缠绕螺旋排列不同的特点，该染色法可在偏振光显微镜下，根据双折光性和着色的不同，分别显示出四型胶原纤维。
结果：普通光镜：胶原纤维呈红色，细胞核呈绿色，其他成分呈黄色。
偏振光显微镜：Ⅰ型胶原纤维：红色或黄色，排列紧密，具强双折光性；
Ⅱ型胶原纤维：多种色彩，疏松网状、弱双折光性；
Ⅲ型胶原纤维：绿色，细纤维、弱双折光性；
Ⅳ型胶原纤维：淡黄色、弱双折光性。
4. TUNEL染色
材料：石蜡包埋、冰冻和超薄切片，细胞
染料：荧光素标记的dUTP在脱氧核糖核苷酸末端转移酶（TdT酶）的作用下，可以连接到凋亡细胞中断裂DNA的3’-OH末端，并与连接辣根过氧化物酶（HRP）的荧光素抗体特异性结合，后者又与HRP底物二氨基联苯胺（DAB）反应产生很强的颜色反应。
应用与结果：单细胞水平上的凋亡原位检测，抗肿瘤药的药效评价及通过双色法确定细胞死亡类型和分化阶段。凋亡细胞核染色呈深棕色，正常或正在增殖细胞不被染色。
5. 免疫染色
包括免疫组织化学（IHC）/免疫细胞化学（ICC）和免疫荧光（IF），均是通过可视化抗原抗体结合反应，对组织细胞内抗原（多肽和蛋白质）定性、定位和相对定量的研究。IHC和ICC使用的显色剂多为酶，即化学显色；IF使用的显色剂多为荧光素，即荧光显色。
材料：细胞、冰冻切片、石蜡切片
应用与结果：恶性肿瘤的诊断与鉴别诊断，转移性恶性肿瘤的原发部位确认，肿瘤的病理分型，微小转移灶确认，阳性产物定位、相对定量，细胞凋亡检测。
参考文献
Parra, E.R., Uraoka, N., Jiang, M. et al. Validation of multiplex immunofluorescence panels using multispectral microscopy for immune-profiling of formalin-fixed and paraffin-embedded human tumor tissues. Sci Rep 7, 13380 (2017).
